W 1999 Komisja została rozwiązana w wyniku zarzutów o korupcję i nepotyzm
podniesionych przez audytora wewnętrznego Paula van Buitenena, w których
główną rolę grała komisarz Édith Cresson[5].
Bezpośrednią przyczyną rozwiązania Komisji, której przewodniczącym był
Jacques Santer, był raport Komisji Niezależnych Ekspertów opisujący brak
zarządzania sprzyjający korupcji i niegospodarności:
"Badania przeprowadzone przez Komisję zbyt często wykazywały rosnący opór ze
strony członków hierarchii wobec podejmowania odpowiedzialności.
Trudno było znaleźć kogokolwiek, kto wykazywałby choćby śladowe poczucie
odpowiedzialności (...)
Skrajnie skomplikowane przepisy narażają EAGGF na korupcję i czynią
jakąkolwiek kontrolę bardzo trudną."
- Second report on Reform of the Commission. Analysis of current practice
and proposals for tackling mismanagement, irregularities and fraud.
Committee of Independent Experts, 10 września 1999.

Zarzuty o nierzetelne rozliczanie środków budżetowych i brak
transparentności były podnoszone ponownie w 2004 roku[6].
Po skandalu w 1999 roku rozwiązaniem problemu miało być uruchomienie biura
antykorupcyjnego OLAF[7]. Według Paula van Buitenena w 2008 roku nadal nie
funkcjonuje ono skutecznie[8].
Już w latach 2002-2004 zaobserwowano pierwsze przypadki wewnętrznych
represji wobec urzędników zgłaszających do OLAF nieprawidłowości w swoich
jednostkach[9].

W 2008 roku Komisja Europejska została skrytykowana przez koalicję
organizacji pozarządowych za dopuszczenie do zdominowania grup eksperckich
przez lobbystów i przedstawicieli biznesowych grup nacisku[10].

W 2009 roku 66% skarg do europejskiego rzecznika praw obywatelskich
(European Ombudsman) dotyczyło działań Komisji Europejskiej, z czego 36% -
braku transparentności, na przykład utrudniania dostępu do informacji
publicznej[11].

W kwietniu 2009 ujawniona została wewnętrzna notatka rozesłana do
pracowników Komisji Europejskiej, w której zaleca się im, by w raportach i
korespondencji nie wspominali o prywatnych spotkaniach z lobbystami oraz
instruuje, w jaki sposób utrudniać dostęp do informacji publicznej przez
wąskie interpretowanie zapytań we wnioskach[12].

W 2010 roku organizacja Transparency International wyraziła zaniepokojenie
podejmowaniem pracy przez byłych komisarzy w sytuacjach mogących stwarzać
podejrzenie konfliktu interesów[13][14].
Brytyjskie czasopismo "Public Servant Magazine" skrytykowało Komisję za
rozrzutność i niekontrolowany rozrost biurokracji, której koszty utrzymania
wynoszą ponad 8 miliardów euro, z czego koszty samej Komisji to ponad 3,5
miliarda[15].
Zbiorcze raporty na temat wydatków Komisji Europejskiej opublikowało w 2011
roku The Bureau for Investigative Journalism[16], krytykując równocześnie KE
za utrudnianie dostępu do tych informacji[17]

W 2010 roku Reuters ujawnił korespondencję urzędników Komisji, którzy
ukrywali lub przeinaczali wyniki badań naukowych dla wsparcia politycznego
programu promocji biopaliw[18].
Wkrótce potem Komisja została pozwana do sądu przez grupę Climate Earth z
zarzutem ograniczania prawa do informacji publicznej[19].
Kontrowersje wzbudza także - zgodna z przepisami KE - praktyka wypłacania
byłym komisarzom "przejściowych wynagrodzeń" w wysokości 40-65% ich zarobków
przez trzy lata od odejścia z pracy.

źródło https://pl.wikipedia.org/wiki/Komisja_Europejska